CYCLER|第一款用于circRNA完整isoform组装和定量的新工具引言理解circRNA的完整序列和特定选择性剪接的环状异构体对于深入研究其功能至关重要。此外，CYCLER能够利用BSJ识别工具的组合，减少了错误重建的数量，提供了更好的基因组特征选择。它不仅能够识别新的和选择性剪接的circRNA，还能定量已知线性RNAisoform的丰度，显著降低了转录组分析所需的实验工作量。随着CYCLER在模拟数据集中的优越性能，它有望成为circRNA研究领域的关键工具。
工具的英文是什么?
工具的英文是tool。
例句：
1、这台研磨机用于制作精细工具。
The grinder is used for making precision tooling.
2、这件家具备有组装工具和说明书。
The furniture comes complete with tools and instructions for assembly.
英语翻译技巧：
1、省略翻译法
这与最开始提到的增译法相反，就是要求你把不符合汉语，或者英语的表达的方式、思维的习惯或者语言的习惯的部分删去，以免使所翻译出的句子沉杂累赘。
2、合并法
合并翻译法就是把多个短句子或者简单句合并到一起，形成一个复合句或者说复杂句，多出现在汉译英的题目里出现，比如最后会翻译成定语从句、状语从句、宾语从句等等。
CYCLER | 第一款用于circRNA完整isoform组装和定量的新工具
引言理解circRNA的完整序列和特定选择性剪接的环状异构体对于深入研究其功能至关重要。然而，现有方法往往局限于通过识别反向剪接位点（BSJ）来估计circRNA序列，而无法提供完整序列或识别来自同一BSJ的不同选择性剪接的环状异构体。
为解决这一问题，Meyer教授团队开发了CYCLER工具，旨在识别新的和选择性剪接的circRNA完整序列并进行表达定量，同时估计已知线性RNA剪接异构体的丰度。该研究结果发表于Nucleic Acids Research（IF=16.971）。
01.算法优势
CYCLER在多项基准测试中展现出显著优势，包括与CIRI-full、CIRCexplorer2等工具的比较。CYCLER不仅在F分数（结合了灵敏度和精度的调和平均值）方面表现最佳，而且在插入片段大小或RNA-seq输入文库的读取长度方面没有隐含或明确的限制。这种方法依赖于junction reads的量化，而不是依赖于高测序深度，这使得CYCLER能够充分利用整个RNA-seq文库进行转录本组装。
此外，CYCLER能够利用BSJ识别工具的组合，减少了错误重建的数量，提供了更好的基因组特征选择。与其他工具相比，这种综合策略使得CYCLER在识别和组装circRNA时更加精确，尤其是在处理长读长数据方面。
02.方法策略
在CYCLER中，作者采用了贪婪算法对转录本进行迭代重建，以确保低数量的假阳性组装转录本。这种方法在模拟数据集中表现出显著优势，尤其是在考虑滚环cDNA产物的实验并发症时，避免了偏差。
03.小结
CYCLER作为识别和定量全长circRNA isoform的创新工具，为circRNA研究带来了革命性的进展。它不仅能够识别新的和选择性剪接的circRNA，还能定量已知线性RNA isoform的丰度，显著降低了转录组分析所需的实验工作量。随着CYCLER在模拟数据集中的优越性能，它有望成为circRNA研究领域的关键工具。
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