组装工具箱(生信分析 Nature| 强大的基因组组装工具- Shasta)
pe工具箱u盘安装
pe工具箱u盘安装(安装PE工具的U盘)装机系列第一篇介绍的是，用U盘制作PE工具箱。虽然直接制作系统启动盘是最为快捷的装系统方式，但我还是建议而且自己也习惯使用PE。因为除了装系统之外，在PE里还可以完成系统分盘，即便电脑主系统故障也可以进入PE查看或者拷贝重要资料。
什么是Win PE？
Win PE，Windows预先安装环境（英语：Microsoft Windows Preinstallation Environment），简称Windows PE或WinPE。其实就是一个轻量版的Windows系统，由于体积比较小，可以直接存储在U盘或者移动硬盘上。一般电脑维修人员使用其查找故障，也是装机重要工具之一。强烈推荐有需要的同学做好一个备用。
准备工作
所需工具：U盘（1G以上，推荐8G以上）或者移动硬盘，Windows电脑。
PE 都是可以装进U盘、移动硬盘或者直接装进本地硬盘或者刻录光盘，但为了方便起见，我还是建议大家准备U盘或者移动硬盘。本教程使用的PE工具箱体积较小，1G 大小U盘足够，不过如果你想发挥更多的作用，比如说直接将下载好的系统镜像文件拷贝进去的话，推荐8G以上大小的U盘。
U盘准备好之后，就是下载PE工具箱了，装机不下百遍，我使用过不少的Win PE，还是自信有一些发言权，最早使用过电脑店U盘启动工具、大白菜这些，确实有一些优点，但却也会在装机的同时附带一些推广，笔者在这里推荐比较纯净的Win PE——微PE工具箱。
微PE工具箱下载地址：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//.cn/download.html选择最新的64位版本下载即可。
将微PE安装至U盘
需要注意的一点是，微PE是不带有网络模块的，开发者也明确表示不会增加，如果确实有这方面需要的还是选择其他的PE工具箱，以个人的使用经历来看，我基本上没有发现PE工具箱必须集成网络模块的合适理由。
微PE下载完成后直接点击打开，安装过程比较傻瓜式。打开微PE之后默认是安装进系统，点击右下角的图标选择安装进U盘或者移动硬盘。
在安装方法一栏，默认即可，除非你对其中所有选项都比较了解。需要注意的一点是，U盘空间如果大于4G的U盘请选择默认exFAT格式，如果像楼主之前使用的闪迪CZ80这种使用的SSD主控的U盘，在格式那一栏推荐选择NTFS。因为普通FAT格式的U盘，只支持最大单文件大小容量为4GB，而现在Windows 10 原版的镜像文件基本都超过4GB。
然后根据需要设置U盘卷标以及PE壁纸，直接开始安装，接下来你可以抽根烟或者看个小电影或者去上个厕所，安装时间几分钟足够。
安装完成后，原有的U盘会多出一个EFI 的分盘，占用300M左右，而另外的一个则可以正常当U盘使用，并不影响。
启动Win PE
这样一来，Win PE就已经被安装进U盘了。重启进入启动菜单，选择对应的U盘移动就行。各品牌笔记本、台式机以及组装机主板的启动快捷键可参见下表：
电脑
常见品牌笔记本、台式机、主板的启动快捷键
微PE默认安装支持UEFI（新）和LEGACY（旧）启动方式，在UEFI 模式下安装的系统也只能通过对应的方式进入，因此，如果支持UEFI的话就尽量选择这种方式启动。
Win PE 启动之后，桌面便如上图，桌面上放置最常用的分盘工具、系统安装工具等，这些重装系统已经足够。
微PE 常见工具预览
此外，开始菜单还有很多小工具，根据自己需要选择使用。
分盘助手
常用的系统安装工具
到此，你已经拥有自己的Win PE工具箱了， 随身携带方便。
生信分析 Nature| 强大的基因组组装工具- Shasta
Shasta工具箱，一项在基因组组装领域的创新性进展，仅用9天时间便成功完成了11个人类基因组基于三代测序的从头组装，揭示了新一代基因组组装技术的强大潜力。利用Nanopore技术，Shasta工具箱实现快速高质量的组装，展示了基因组研究领域的重大突破。在2020年的Nature杂志上，利用Nanopore测序技术，人类基因组X染色体首次实现了端粒到端粒的完整组装。这标志着人类基因组计划开始后的20年来，科学家首次完整组装染色体。尽管长读长测序能够提供更连续的片段，但组装过程及其耗时仍然是研究者的挑战。
Shasta工具箱集成了MarginPolish和HELEN两种新的基因组打磨加工算法，旨在提高组装的准确性和速度。该工具箱的开发旨在解决人类基因组组装的效率问题，相较于其他流行工具如Canu，Shasta不仅提高了组装效率，而且在准确度上也表现出色。
在实测中，Shasta在9天内从头组装了11个高度连续的人类基因组，产生的序列覆盖深度达到每个基因组42kb N50的63X和大于100kb N50的6.5X。使用一个计算节点，Shasta在6小时内可完成单倍体人类基因组的从头组装。MarginPolish和HELEN算法将组装好的单倍体基因组加工至99.9%相似度。
通过与现有工具如Wtdbg2、Flye和Canu的对比，Shasta在组装效率和准确度方面表现出色。尽管在连续度指标上与其他工具存在差异，但Shasta在不一致性指标上展现出优越性。在基因组组装大小、碱基准确度和计算成本方面，Shasta提供了更有竞争力的解决方案。
对于最难解决的复杂区域，如MHC，Shasta和Flye能够在单倍体基因组组装中以完整序列覆盖这些区域。在二倍体基因组组装中，Shasta和Flye能够以序列片段覆盖复杂区域，而Canu和Wtdbg2则以单一序列片段覆盖。通过将序列根据父系和母系遗传分离，Shasta能够成功完成HG00733的单倍体组装。
基于神经网络的打磨工具MarginPolish和HELEN进一步提高了基因组组装的准确度。在基因组组装打磨过程中，MarginPolish和HELEN能够有效降低错误率，特别是在处理插入缺失错误方面。通过使用这四个工具的详细错误率对比，我们能够看到MarginPolish和HELEN在提高基因组组装准确性方面的显著作用。
Shasta工具箱在基因组组装和打磨方面提供了新的解决方案，不仅提高了组装效率，而且在准确度和实用性方面表现出色。随着测序成本的持续降低，这类工具为大规模基因组数据分析提供了更多的可能性，是基因组研究领域的重要进展。